ปัญหาอวัยวะเพศเล็ก หรือสั้น อาจไม่ได้เกิดจากกรรมพันธ์เพียงอย่างเดียว แต่เกิดได้หลายสาเหตุ เช่น อายุที่มากขึ้น อาการบาดเจ็บ หรือการฉีกขาดของเนื้อเยื่อที่อวัยวะเพศ โรคประจำตัวบางชนิด การใช้ยาบางชนิด และการผ่าตัดบางชนิด 

- การใส่เนื้อเยื่อมเทียม ช่วยให้ขนาดรอบวงของอวัยวะเพศใหญ่ขึ้น 
- หลังผ่าตัดประมาณ 6 เดือน เนื้อเยื่อเทียมจะละลายตัวเหลือความหนาประมาณ 50% และมีเนื้อนิ่ม ให้สัมผัสที่เป็นธรรมชาติมากขึ้น

ปัญหาอวัยวะเพศชายมีขนาดเล็กหรือสั้น เป็นปัญหาที่ทำให้ผู้ชายหลายคนเสียความมั่นใจ และส่งผลถึงกิจกรรมทางเพศได้ โดยอวัยวะเพศชายที่มีขนาดเล็กมีปัจจัยทำให้เกิดได้จากทั้งภายในและภายนอกร่างกาย เช่น

• กรรมพันธุ์ ขนาดของอวัยวะเพศชายยังเกี่ยวข้องกับพันธุกรรมตามเชื้อชาติ เช่น ผู้ชายในประเทศแถบแอฟริกามักจะมีขนาดองคชาตที่ใหญ่กว่าเมื่อเทียบกับผู้ชายในประเทศแถบเอเชีย
• การดูแลตนเองของมารดาระหว่างตั้งครรภ์ หากหญิงตั้งครรภ์มีพฤติกรรมสูบบุหรี่จัด ดื่มแอลกอฮอล์บ่อย หรือสัมผัสสารพิษบ่อยครั้งในระหว่างตั้งครรภ์ ก็มีโอกาสที่บุตรชายจะมีขนาดอวัยวะเพศชายเล็กได้
• อายุที่มากขึ้น เมื่อไรก็ตามที่อายุมากขึ้น มีโอกาสที่การสะสมของชั้นไขมันและการไหลเวียนของหลอดเลือดที่อวัยวะเพศชายจะลดลง ทำให้เซลล์กล้ามเนื้อและเนื้อเยื่อที่องคชาตเหี่ยวลง ทำให้ขนาดของอวัยวะเพศชายเล็กลงได้
• อาการบาดเจ็บ หรือการฉีกขาดของเนื้อเยื่อที่อวัยวะเพศ โดยอาจเกิดจากอุบัติเหตุ หรือการเล่นกีฬาที่รุนแรง
• โรคประจำตัวบางชนิด เช่น โรคอ้วน โรคเบาหวาน โรคไพโรนีย์ ซึ่งเป็นโรคที่ทำให้อวัยวะเพศเกิดเนื้อเยื่อพังผืดมาก ทำให้รูปร่างขององคชาติผิดรูป
• การใช้ยาบางชนิด ซึ่งส่งผลข้างเคียงต่อสมรรถภาพทางเพศหรือการไหลเวียนของหลอดเลือดที่อวัยวะเพศ
• การผ่าตัดบางชนิด เช่น การผ่าตัดต่อมลูกหมาก ซึ่งอาจส่งผลทำให้กล้ามเนื้อที่ขาหนีบหดตัว ทำให้ขนาดขององคชาตหดเล็กลงไปด้วย